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Geneious是一款綜合、跨平臺的生物信息學(xué)軟件，包括操作、發(fā)現(xiàn)、共享和探索生物數(shù)據(jù)，例如DNA序列或蛋白質(zhì)，系統(tǒng)進(jìn)化，三維結(jié)構(gòu)信息，出版文獻(xiàn)等。它的功能包括序列對比和系統(tǒng)學(xué)分析，毗連群，引物設(shè)計和克隆和限制性分析，使用NCBI和EMBL，BLAST，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)查看，自動化醫(yī)學(xué)搜索等。它甚至包含了一個API，您可以創(chuàng)建您的個人生物信息插件。
Geneious主要功能：
1. NGS分析和基因組學(xué)
使用行業(yè)的算法（包括SPAdes，TopHat和Minimap2）從頭組裝Illumina、PacBio或Nanopore讀數(shù)（配對末端、條形碼）的組裝或參考圖。全面的數(shù)據(jù)分析，包括基因組瀏覽器、重疊群可視化、SNP調(diào)用和RNA-Seq表達(dá)式。
2. 序列圖和色譜分析
修剪、組裝和查看Sanger排序跟蹤文件，正確的堿基調(diào)用并創(chuàng)建一致的序列。基因預(yù)測、模式、翻譯和變異調(diào)用的自動標(biāo)注?；蛐臀⑿l(wèi)星跟蹤自動梯擬合和峰值調(diào)用和生成等位基因表。
3. 對齊和樹構(gòu)建
使用包括MAFFT和ClustalW在內(nèi)的可信算法對DNA或蛋白質(zhì)進(jìn)行成對和多種比對。查看和編輯實(shí)時翻譯和突出顯示。使用包括RAxML和PAUP在內(nèi)的同行評審算法構(gòu)建系統(tǒng)樹，并為公開準(zhǔn)備的圖形調(diào)整顯示設(shè)置。
4. 分子克隆
查看質(zhì)粒圖，自動注釋矢量并用注釋復(fù)制粘貼序列。尋找限制站點(diǎn)、消化、連接和執(zhí)行Golden Gate，Gibson和Gateway克隆。設(shè)計引物，找到CRISPR站點(diǎn)并優(yōu)化密碼。在克隆過程中跟蹤歷史和親子后代譜系。
5. 搜索、共享和自動化
針對NCBI進(jìn)行批量BLAST，并直接搜索GenBank。使用無縫集成的共享庫集中和協(xié)作數(shù)據(jù)。導(dǎo)入和導(dǎo)出大多數(shù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)文件格式。建立自動化的工作流程，以提率，控制業(yè)務(wù)流程，并減少您的研究中的人為錯誤。
6. 通用服務(wù)器數(shù)據(jù)庫
更高的控制級別和更高的安全性，可通過標(biāo)準(zhǔn)共享數(shù)據(jù)庫為組織通過數(shù)據(jù)訪問權(quán)限。同步存儲位置，可供多個并發(fā)用戶訪問的通用數(shù)據(jù)?？梢岳肔DAP等現(xiàn)有身份證基礎(chǔ)架構(gòu)來保護(hù)您的數(shù)據(jù)并簡化賬戶管理。
7. SnapGene文件導(dǎo)入
將SnapGene*.gna序列文件拖放到Geneious中，無縫地導(dǎo)入序列及其注釋和其他元數(shù)據(jù)。
8. CRISPR-CPF1特異性評分
自信地選擇理想的CRISPR-CPF1引導(dǎo)RNA位點(diǎn)使用新的特異性評分，這是根據(jù)對您選擇的數(shù)據(jù)庫的非目標(biāo)分析計算出來的。
9. 智能NGS導(dǎo)入
只需一個簡單的步驟就可以將任何類型的SAM、GFF、BED和VCF文件拖放到Geneious中，即使您有不同的樣品和參考序列的混合物。
10. CRISPR Cpf1選項(xiàng)
添加了CRISPR-CPF1與5' PAM位點(diǎn)的支持。在A和T豐富序列中找到位點(diǎn)，并在體內(nèi)具有更高的裂解效率。
11. RNA-Seq表達(dá)分析的火山圖
在交互式火山圖中可視化基因表達(dá)，可以用來突出和跳轉(zhuǎn)到差異表達(dá)基因。
12. 限制性位點(diǎn)無表型突變分析
自動識別在不影響蛋白質(zhì)的情況下引入限制位點(diǎn)的編碼序列中的點(diǎn)突變。
13. 漂亮的PCA圖
具有更好的標(biāo)簽和新的可視化選項(xiàng)，創(chuàng)建漂亮的PCA圖形。
14. 創(chuàng)建酶制劑
不再從其他來源獲取信息?，F(xiàn)在您可以很容易地創(chuàng)建您自己的酶組。
15. 更好的FASTQ導(dǎo)入功能
在導(dǎo)入過程中，成對讀取可以相互關(guān)聯(lián)，而Geneious會猜出它們是如何配對的。還可以設(shè)置讀取技術(shù)。
16. 為細(xì)菌基因組比對更新Mauve插件
現(xiàn)在包括對序列列表的支持和用于重新排序重疊群的MCM操作，使draft基因組對齊和進(jìn)行基因組整理成為可能。
17. 更好的BLAST服務(wù)器管理
一次設(shè)置多個BLAST服務(wù)器鏡像，每次搜索時，選擇的一個。不用每次切換鏡像。
18. NCBI BLAST云支持
有了NCBI BLAST云之后，設(shè)置您自己的BLAST鏡像變得更為簡單。如果您以這種方式創(chuàng)建一個鏡像，Geneious可以與它連接起來。
19. 按索引連接
連接序列列表并按索引對齊，而不是按照名稱對齊，這對于合并不完全重疊的成對讀取非常有用。
20. 序列列表的CSV/TSV導(dǎo)出
將序列表中的所有序列連同它們的元數(shù)據(jù)一起導(dǎo)出到CSV/TSV中，這樣您就可以將它們放在Excel中或類似的情況下進(jìn)行進(jìn)一步的分析。
Geneious Prime 2023的新功能
Geneious Prime 2023帶來了改進(jìn)的引物設(shè)計和克隆。亮點(diǎn)包括引物特異性測試、克隆驗(yàn)證、STAR RNA-seq映射器和CRISPR改進(jìn)。
引物特異性測試
通過新的引物特異性測試一步設(shè)計目標(biāo)特異性引物。
克隆驗(yàn)證
用于在批量質(zhì)粒驗(yàn)證期間自動進(jìn)行序列比對的新可視化工具。
STAR RNA-seq映射器
添加了STAR，這是一種RNA-seq映射器，可執(zhí)行高度準(zhǔn)確的拼接序列比對。
CRISPR改進(jìn)
添加了更多PAM和選擇單個序列進(jìn)行特異性測試的能力。
操作系統(tǒng)：
Windows：
Windows 7、8、8.1和10。請注意，Geneious Prime 2020及更高版本不支持32位Windows
注意：Windows不支持以下插件：TopHat，Velvet Optimiser
注意：使用Spades和Flye插件需要Windows 10以及用于Linux的Windows子系統(tǒng)
Linux：
Ubuntu桌面（18.04和20.04）。請注意，Geneious R10及更高版本不支持32位linux
MacOS：
支持的Apple操作系統(tǒng)根據(jù)您所運(yùn)行的Geneious版本而有所不同，如下所示：
Geneious Prime 2020-2021：MacOS 10.11及更高版本
Geneious Prime 2019：MacOS 10.8-10.15*
處理器：×86 64-bit
內(nèi)存：2GB或更多
硬盤：2GB或更多可用空間
Video：1024×768分辨率或更高
Geneious的解決方案
的解決方案
廣泛的解決方案在世界范圍內(nèi)使用。小型生物技術(shù)初創(chuàng)企業(yè)，大型制藥組織，學(xué)術(shù)團(tuán)體以及介于兩者之間的每個人都使用Geneious優(yōu)化序列數(shù)據(jù)管理，鼓勵一致性和協(xié)作性并加上快速分析速度。
生物制藥藥物發(fā)現(xiàn)
從事治療抗體研發(fā)的企業(yè)正在選擇Geneious Biologics，以快速，準(zhǔn)確地探查大量抗體序列信息，以縮小對成功候選者的搜索范圍進(jìn)行更快的創(chuàng)新。
如何運(yùn)作：Geneious Biologics與Geneious Prime完全相互操作。無縫的云集成使用戶可以將序列數(shù)據(jù)從Geneious Biologics實(shí)時傳輸?shù)紾eneious Prime，反之亦然，從而簡化了用于下游處理的NGS抗體的傳輸。
盡量減少在應(yīng)用程序之間導(dǎo)出NGS和化驗(yàn)數(shù)據(jù)的需要，消除了重大的數(shù)據(jù)管理挑戰(zhàn)，并降低了數(shù)據(jù)丟失風(fēng)險。在Geneious Biologics云平臺上管理的工作流是可記錄和可溯源的，從而簡化了整個藥物返現(xiàn)過程中抗體NGS數(shù)據(jù)流。在云中整合抗體研究數(shù)據(jù)還可以減緩信息的可追溯性，這是保護(hù)關(guān)鍵IP的重要考慮因素。
商業(yè)生命科學(xué)：
在制藥，診斷和農(nóng)業(yè)科學(xué)等眾多領(lǐng)域工作的組織使用Geneious Prime來提高團(tuán)隊的效率并釋放序列數(shù)據(jù)的價值。
如何運(yùn)作：Geneious Prime出色的互操作性，包括API，插件開發(fā)和創(chuàng)建工作流的能力，意味著科學(xué)可以更快地完成。集中化程序列數(shù)據(jù)管理和分析可減少團(tuán)隊之間的混亂，并程度地提高寫作的收益。
Geneious Prime提供了市場廣泛的分析工具。輕松的分子克隆應(yīng)用程序是隨行業(yè)趨勢而更新的，并且諸如組裝，比對和BLAST搜索之類的工具在一個全面的套件中都可用。用戶可以迅速掌握Geneious Prime的直觀設(shè)計，從而減少了訓(xùn)練團(tuán)隊所需的時間。
學(xué)術(shù)與政府研究
學(xué)生，學(xué)者和政府專業(yè)人員可以控制他們的序列數(shù)據(jù)并發(fā)現(xiàn)有價值的見解。Geneious Prime在賦予科學(xué)力量方面的聲譽(yù)使其成功為世界上被引用次數(shù)多的序列分析和管理關(guān)鍵。
如何運(yùn)行：由于其運(yùn)行的全面性，Geneious Prime在眾多研究學(xué)科中扮演著不可或缺的角色。可以簡單地導(dǎo)入或轉(zhuǎn)換包括NGS在內(nèi)的各種數(shù)據(jù)類型，從而是科學(xué)家可以利用新的測序技術(shù)，并大限度地利用舊數(shù)據(jù)集的價值。
系統(tǒng)發(fā)育學(xué)家可以使用的同行評審算法來比對序列和構(gòu)建樹。可以在實(shí)驗(yàn)室工作之前設(shè)計克隆策略?？梢宰⑨尰蚪M，并使用功能強(qiáng)大的工具檢測變異。序列可以輕松對齊和組裝。
Geneious Prime是教學(xué)許多學(xué)科基礎(chǔ)知識的工具，因?yàn)樗鼮閷W(xué)習(xí)者提供了直觀的接觸點(diǎn)。
【英文介紹】
Geneious Prime is the most cited molecular biology and sequence analysis software in the world.
We at Geneious believe that a mastery of billogy can make the word a better place, from hunab, animal, and plant health, to bioengineering of cleaner industrial inputs and better enviromental management. Geneious bioinformatics software solutions are created from deep expertise and imagination and empower custpmers by turning the difficult into the intuitive and easy.
Geneious Prime is packed with fundamental molecular biology tools that we've created with input from real scientists around the world. Geneious Prime's molecular biology and NGS analysis tools include cloning, Primer design, and de nove assembly, and can be customized with plugins and algorithms.
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